События фильма происходят по прошествии двух лет после истории Full Metal Alchemist [TV].
Переместившись из своего родного мира в наш мир (1923 год), Эдуардо Элрик живет в Мюнхене, Германия. Лишившись силы алхимика, он тратит все время на исследование ракетной техники вместе с Альфонсо Хедрич (человеком, поразительно схожим с его братом).
Не только Альфонсо Хедрич, но другие люди, которых встречает Эдуардо, кажутся ему знакомыми, вследствие того, что наш мир является параллельным родному миру Эдуардо.
После того как Эдуардо помогает цыганской девушки, он проноситься через череду событий, не только помогающих ему открыть путь домой, но также раскрыть заговор, который может принести серьезные последствия обоим мирам.
В свою очередь Альфонсо Элрик делает ставку на серьезном изучении алхимии, чтобы найти путь для воссоединения со своим старшим братом
«Завоеватель Шамбалы» – отличный подарок всем тем, кто хоть раз видел «Стального Алхимика».
Фильм развивает идеи, заложенные в сериале, и позволяет по-новому взглянуть на вопросы алхимии и жизни.
Это продолжение истории двух братьев, удивительно преданных друг другу и стремящихся быть вместе, а уж в каком из миров – не суть важно.
Родным миром для них становится тот, где есть общее дело и одна дорога на двоих.

Алхимия — наука о преобразовании материи из одной формы в другую. Ее основное правило — ты можешь получить что-нибудь, лишь отдав взамен нечто равноценное. Эдварду и Альфонсу Элрикам, сыновьям великого алхимика, было всего 11 и 10 лет, когда они решили, что знают об алхимии достаточно, чтобы вернуть к жизни свою покойную мать. Но не зря на создание человека наложен запрет — братья потерпели неудачу и заплатили за свою ошибку страшную цену: Эдвард потерял ногу, а Альфонс был поглощен целиком. Лишь пожертвовав правой рукой, Эдвард сумел вернуть душу Альфонса и присоединить ее к старинному доспеху.

Заменив утраченные руку и ногу металлическими протезами, Эдвард вместе с братом покидает родной городок, где поступает на государственную службу, дабы получить доступ к обширным ресурсам военных. Отныне братья еще отчаянней стремятся раскрыть тайну человеческого преобразования — теперь уже ради того, чтобы вернуть друг другу прежние тела. Цель их поисков — легендарный философский камень, который позволяет обойти принцип равнозначного обмена. Однако вскоре братья выясняют, что не они одни ищут философский камень, и что они ввязались в серьёзную игру…